平成15年6月1日から小型船舶免許制度が改正され、小型プレジャーボート・小型漁船等は、1級又は2級小型船舶操縦士免許を、水上オートバイには特殊小型船舶操縦士免許証を有しないと、これらの小型船舶を操縦することが出来ません。
免許の種類には操縦しようとする船舶の航行する水域に応じて、1級2級小型船舶操縦士と、水上オートバイ専用の特殊小型船舶操縦士に区分されます。
水上オートバイに乗るには、特殊小型船舶操縦士の免許が必要です。1級・2級小型操縦士の免許では水上オートバイには、乗れません。